Metallföroreningar kan transporteras bland annat via utsläpp till luft från kraftverk och andra förbränningsprocesser. De kan också komma från naturliga källor, till exempel finns kvicksilver i rök från skogsbränder och vulkanutbrott.
Metaller binder till bottensedimenten i vattendrag, sjöar och i havet. Strömmar, båttrafik, muddring eller djur, som rör om bottnarna, kan göra att metallerna åter frisätts och börjar cirkulera i ekosystemet. Vattnets surhet och mängden humusämnen (organiskt material) m.m. påverkar också halterna av metaller.
Metaller bioackumuleras inte i näringsväven på samma sätt som organiska miljögifter, med kvicksilver som ett viktigt undantag.