Alla växter har pigment för att fånga solenergi till fotosyntesen, den process där växter omvandlar koldioxid och vatten till syre och biomassa. Ett pigment som finns i alla växtplankton är klorofyll-a. Att mäta klorofyll-a med en spektrofotometer är relativt billigt och enkelt och ger en viss uppskattning av hur mycket växtplankton som finns. Värdet används för att bedöma näringspåverkan och avgöra om ett vatten är övergött. Det kan även ge en indikation på ljuskvaliteten i vattnet då växtplankton kan anpassa sig till mörkare vatten genom att producera mer klorofyll-a.
I havet
Klorofyllhalterna är relativt lika i alla havsområden. Övergödningen av våra vatten har en stor och tydlig påverkan på hela ekosystemet, vilket avspeglas i klorofyllhalten. Problemet med övergödning varierar mellan de olika havsregionerna och är mest påtagligt i Egentliga Östersjön. I framför allt Bottniska viken är vattnet påverkat av bland annat humusämnen från land som gör vattnet brunt, vilket påverkar mängden klorofyll i växtplankton.
I sötvatten
Övergödningen av våra vatten har en stor och tydlig påverkan på hela ekosystemet, vilket avspeglas i klorofyllhalten. Problemet med övergödning varierar, men finns det punktkällor i form av reningsverk, enskilda avlopp och stor andel intensivt jordbruk i avrinningsområdet till en sjö är risken stor att vattnet redan är eller riskerar att bli övergött.