De bottenlevande djuren utgör i sin tur viktig föda för olika typer av fiskar, vilket gör dem till en viktig länk i näringskedjan mellan sedimenterat organiskt material, bland annat plankton, och organismer högre upp i näringskedjan. Genom sin grävande livsstil påverkar de mjukbottenlevande djuren dessutom flödena av syre, näringsämnen och även miljögifter mellan botten och fria vattenmassan och har därigenom stor betydelse för ekosystemet.
Livsmiljön för de bottenlevande djuren varierar kraftigt beroende på djup, utsattheten för vattnets rörelser och ljusförhållanden. I djupare delar av hav och sjöar kan finmaterial sedimentera under lugna förhållanden, vilket ofta ger mjuka bottnar. På grundare vatten, eller i mera snabbflytande delar av ett vattendrag, håller vågor eller strömmar ofta bottnarna fria från finmaterial och de utgörs istället av block, sten, grus och sand.
Om vegetation finns, samt hur djupt ned den går, beror bland annat på vattnets klarhet och bottenmaterialets stabilitet. På skyddade grunda bottnar med god ljustillgång så frodas ofta vegetationen. Däremot finns till exempel många grunda vågexponerade sandbottnar som helt saknar vegetation, eftersom växter inte kan rota sig i den rörliga sanden.
Även om livsmiljöerna i hav, sjöar och vattendrag på många sätt kan likna varandra, så är det stor skillnad på arter. Störst skillnad finner man mellan sötvatten och hav på grund av skillnaden i salthalt.
