MILA och MISA är två multimetriska index vilket innebär att de består av flera enkla index som vart och ett speglar olika aspekter av bottenfaunasamhället. MILA står för Multimetric Index for Lake Acidity och MISA för Multimetric Index for Stream Acidity, med Richard K. Johnson och Willem Goedkoop som författare. Båda indexen innehåller sex parametrar som visar hur surhetskänsliga eller toleranta olika typer av bottenfauna är. Exempel på djur är dagsländor, snäckor, tvåvingar samt bottenfauna som är predatorer. För rinnande vatten ingår även bäcksländor som parameter liksom de djur som är sönderdelare när de söker föda. Båda indexen kan variera mellan 0 och 100 där höga värden innebär bra förhållanden. Man använder prover som samlats in från sjöars och rinnande vattens litoral (strandzon ca 0,5-1 meters djup). I rinnande vatten är det vadbar hårdbotten som provtas.