Knubbsälen lever i huvudsak utmed västkusten, men det finns också en mindre population i Kalmarsund. Detta bestånd anses vara skilt från det på västkusten. Även populationerna i Skagerrak och Kattegatt ska ses som skilda bestånd, då genetiska analyser visar att endast få individer utväxlas mellan områdena. I beståndet i Skagerrak ingår sälarna i yttre Oslofjorden i Norge, medan populationen i Kattegatt är gemensam med Danmark. Knubbsälen är i jämförelse med gråsälen i Östersjön relativt stationär.
Knubbsälen föder sina kutar i juni. Till skillnad från gråsäl föds knubbsälar utan den vita pälsen och är därför anpassad att gå ner i vattnet tidigare. Knubbsälen byter päls i augusti, och det är också då inventeringen sker.
Knubbsälar äter nästan bara fisk, främst torskfiskar, plattfiskar och sill.
Tillväxthastigheten av knubbsäl är något högre i Skagerrak än i Kattegatt. Fram till 2002 var tillväxten något högre än den varit sedan dess. Jämfört med tidigt 1900-tal är antalet fortfarande mycket begränsat. Knubbsälarna har sedan säldöden 1988 drabbats av en del sjukdomar, som slagit ut stora delar av populationen på västkusten. Knubbsälarna har dock återhämtat sig relativt väl efter varje sådan nedgång.
Populationen av knubbsäl i Kalmarsund har ökat stadigt sedan 1970-talet och antalet kolonier ökar. Denna grupp har klarat sig från epidemier som påverkat sälarna på västkusten, sannolikt för att kontakten dem emellan är i princip obefintlig. Knubbsälarna i Kalmarsund är ganska få, och bortsett från att den klarat sig från epidemierna på västkusten har populationen sannolikt sämre förmåga att anpassa sig till förändringar i omgivningen.
Populationsutvecklingen av knubbsäl övervakas för att sälarna fungerar som indikatorer för miljögifter och rubbningar i näringsväven.