I havet
För att beskriva miljötillståndet på havsbottnar med gyttja, lera, sand eller smågrus används indexet BQI – Benthic Quality Index (Rosenberg m. fl. 2004; Leonardsson m. fl. 2016). Detta tillståndsindex får höga värden på bottnar som är relativt opåverkade av övergödning och därför hyser en fauna som är rik både med avseende på antal arter och individer, och där en stor andel av arterna är sådana som är känsliga och därför typiska för opåverkade förhållanden. Omvänt gäller att påverkade bottnar har färre arter och individer, och där faunan mest består av tåliga arter får låga indexvärden.
Det har visat sig att BQI i sin nuvarande form inte fungerar tillfredsställande i Bottenvikens kustområden, så i dessa fall får resultaten tolkas med försiktighet.
I sjöar
För att beskriva miljötillståndet i sjöars bottensediment används också ett index som kallas BQI – Benthic Quality Index (Wiederholm 1980). Det utnyttjar kunskapen om olika fjädermyggarters känslighet mot låga syrgashalter och visar därför på näringspåverkan. Höga värden visar på låg näringspåverkan och låga värden på hög påverkan och låga syrgashalter. Indexet är inte så robust eftersom det endast består av 12 taxa.