Östersjön är ett brackvattenhav vars salthalt och cirkulation starkt påverkas av tillflödet av sötvatten från älvar, floder och mindre vattendrag i Östersjöns avrinningsområde. I södra Egentliga Östersjön är salthalten 7-9 promille i ytan och runt 14 promille i de djupaste delarna, med ett svagt utvecklat salthaltssprångskikt på ca 40-60 m djup.
Färskvattenstillförseln till Östersjön skapar ett utflöde av brackvatten i ytan genom Öresund och Bälthavet, vilket ersätts av ett saltare djupvatten som rinner in i Östersjön nära botten längs en rad av kanaler ned i Östersjöns djuphålor. Utbytet av vatten i djuphålorna är beroende av tillförseln av salt djupvatten från Nordsjön, vilket begränsas av det grunda tröskelområdet i Öresund och Bälthavet och därför kräver gynnsamma väderförhållanden. Detta gör Östersjöns djupområden under språngskiktet extra känsliga för övergödning och problem med syrebrist vid botten. Sedan 1990-talet har inflödet av salt och syrerikt vatten till Östersjön minskat dramatiskt vilket lett till en ökad och idag rekordstor utbredning av syrefria bottnar i Egentliga Östersjön.
Brackvattensförhållandena i södra Östersjön påverkar artsammansättningen och i de västra delarna hittas flera marina arter som sjöstjärna och strandkrabba medan sötvattensarter som abborre och gädda dominerar i de nordöstra delarna.