Med den Baltiska ytströmmen kommer sötare vattnet från Östersjön in i Kattegatt via Öresund och Bälthavet, vilket har stor påverkan på havsområdets oceanografi och ger en gradient i salthalt i ytvattnet från i medeltal 10 promille i Öresund till runt 25 promille i norra Kattegatt. Då det lättare söta vattnet från Östersjön flyter ovanpå det tyngre oceaniska vattnet bildas ett stabilt salthaltsprångskikt på ca 10-15 meters djup, vilket minskar omblandningen och kan leda till syrebrist på bottnar strax under språngskiktet i södra Kattegatt. Via djupa rännan strömmar salt djupvatten in i norra Kattegatt och ger en relativt stabil salthalt drygt 30 promille under språngskiktet. I norra Kattegatt möter den Baltiska strömmen den Jutska strömmen från Danmarks västkust som för med sig saltare vatten från Nordsjön in till den svenska västkusten.
Många av våra marina arter återfinns i Kattegatt även om havet är artfattigare än Skagerrak. Exempelvis hittas ett 80-tal marina fiskarter här liksom brunalgsskogar av tare som är en viktig uppväxtmiljö för många andra arter. Här finns även de ekosystemsbildande arterna trekantsmask och hästmussla, som kan bilda biologiska rev som andra arter kan nyttja som levnadsmiljöer.