Bestånden av torsk och många andra fiskarter befinner sig på historiskt låga nivåer i Kattegatt och Öresund. Införandet av det fiskefria området i södra Kattegatt visade initialt på positiva tecken för torsken och havskräftan, men torsken har därefter minskat igen. Andra positiva tecken är att beståndet av rödspätta i Kattegatt ökar. Kustnära bestånden domineras av snultror och det finns mycket strandkrabbor, medan rovfiskarna är få och små.
Torskbeståndet i Kattegatt ökade från mycket låga nivåer under slutet av 2000-talet delvis till följd av det fiskefria området och tekniska regleringar. Under de senaste åren har dock beståndet visat en vikande trend igen. Det befinner sig nu på den lägsta nivå som någonsin uppmätts. Gråsejen i Kattegatt, som tillhör samma bestånd som det i Skagerrak, har ökat sedan bottennoteringen i början av 1990-talet men bara till omkring hälften av nivåerna under mitten av 1970-talet.
Beståndet av rödspätta i Kattegatt och Öresund har ökat stadigt sedan 2009 och befinner sig nu på en nivå som är nästan tre gånger högre än beståndet var i slutet av 1990-talet. Rödspättan har även ökat i förekomst i grunda kustområden. Vår- och höstlekande sill tillhör samma bestånd som de i Skagerrak och uppvisar samma utveckling i Västerhavet som helhet.
På grunt vatten domineras fisksamhället av ål, tånglake, skrubbskädda, torsk och snultror. I provfisken på kusten i Kattegatt har tånglake, rödspätta, skrubbskädda och oxsimpa ökat i förekomst, liksom strandkrabban som i vissa områden är den helt dominerande arten.
Arter på Artdatabankens rödlista som förekommer är ål, sjurygg, havskatt, slätrocka, kolja, hälleflundra, pigghaj, kummel, lyrtorsk, torsk och vitling.