Bottenhavet belastas av flera typer av miljögifter och farliga ämnen hittas både i djur och i bottensedimenten. Strömming från Bottenhavet har de högsta dioxinhalterna i hela landet. Men halterna har minskat sedan mätningarna startade 1979 och ligger nu under gränsvärdet för humankonsumtion. De flesta bromerade flamskyddsmedel påvisar sjunkande halter i fisk från området, medan perfluorerade ämnen ökar. Kvicksilverhalter i strömming och abborre ligger över gränsvärdet, men bly och kadmium förekommer i halter som anses vara säkra för konsumtion.
Sediment i Bottenhavet har höga halter arsenik och krom, men andra metaller förekommer i lägre halter. Generellt är halterna av organiska miljögifter i Bottenhavets bottensediment lägre än i Egentliga Östersjöns och visar inte på några tydliga ökande eller minskande trender. HCB och klordaner är de organiska miljögifter som förekommer i högst halter i Bottenhavet. För att värdera den samlade effekten av miljögifter i sediment på marint liv används vitmärlan vars embryon är känsliga för föroreningar. Embryon i södra Bottenhavet visar tydlig giftpåverkan.
Havsörnen är en annan art känslig för miljögifter, eftersom den befinner sig högst upp i näringskedjan. Därför följer man inom miljöövervakningen förändringar i havsörnens fortplantning för att upptäcka förändringar i miljön. Havsörnsbeståndet ökar längs östersjökusten vilket tyder på en minskad exponering för miljögifter. Men i norra Bottenhavet påträffas fortfarande ägg med höga halter av miljögifter som DDE och PCB.
Man har uppmätt halter av förbjudna organiska tennföreningar, TBT, från båtbottenfärger i regionen även om inga undersökningar av hur de påverkar djurlivet har genomförts.
Miljögifter har sitt ursprung i det mänskliga samhället och i vår livsstil, med en hög konsumtion och produktion av varor. Många gifter som idag utgör miljöproblem härstammar från efterkrigstiden då industrin expanderade explosionsartat och miljömedvetenheten var låg. Ofta utgör dessa historiska utsläpp större problem idag än utsläpp från pågående verksamheter. Dioxin är ett av de ämnen som i stor utsträckning kommer från områden med idag nedlagda massaindustrier. Längs kusterna i Bottenhavet finns flera sådana anläggningar och man har uppmätt höga halter av dioxner i både fiberbankar, sediment och djur utanför dessa.
Vilka ämnen som följer med landavrinningen till havet beror till stor del på markanvändningen. I området runt Bottenhavet täcks landytorna till största delen av skog och endast liten del av ytan är bebyggd mark. I områden med skogs- och myrmark uppkommer lättare problem med kvicksilver än i exempelvis jordbruksmarker. Detta beror på att kombinationen tunna humusskikt, försurning och svårvittrad berggrund gör att kvicksilver lättare metyleras och skapar metylkvicksilver, som är den form som tas upp av organismer. Skogsdikning och markskador i samband med avverkning ökar också läckaget av kvicksilver från mark till omgivande vattendrag.
Betydande diffusa utsläpp av miljögifter sker i samband med användning och kassering av varor och produkter. Av det från hushåll och dagvatten som hamnar i avloppsreningsverken går mycket rakt ut i havet, eftersom sådant som exempelvis läkemedelsrester och mikroplatser idag inte renas effektivt.
En helt giftfri miljö är svår att skapa i dagens moderna samhälle, och flera olika åtgärder behövs för att vi ska gå åt rätt håll. Via informationsinsatser för att öka konsumentmedvetenhet, tillsyns- och prövningsarbete arbetar man i regionen med att minska spridningen av farliga ämnen. Man utför även efterbehandlingsåtgärder vid gruvor i regionen för att minska risken att föroreningar från områdena sprids i miljön. Särskilt prioriterade är sulfidmalmsgruvorna vars avfall utgör stort miljöproblem.
Förebyggande kemikaliearbete görs också i regionen genom skärpta krav i samband med inköp och offentlig upphandling. Flera kommuner i regionen arbetar även med att sanera förskolor från giftiga ämnen för att uppnå målet giftfri förskola.
Utsläpp av farliga ämnen kommer inte bara från Sverige och insatser mot miljögifter måste samordnas. Bottenhavet ingår i samarbetet inom Helsingforskonventionen (HELCOM). Det finns även globala konventioner för miljö- och hälsoskydd, till exempel Stockholmskonventionen om långlivade organiska föroreningar (POP:s), Aarhusprotokollet om miljöfarliga ämnen, UNECE konventionen om långväga transport av luftföroreningar och FN:s globala kemikaliestrategi SAICM.
Läs mer om vad som görs för att uppnå miljömålet ”Giftfri miljö” på Miljömål.se.