Det finns två mindre knubbsälspopulationer i södra delen av Östersjön. Populationen av knubbsäl i Kalmarsund, inklusive södra och östra Öland, har ökat stadigt med runt 9 procent per år och antalet kolonier ökar. Gråsälar verkar förflytta sig söderut från andra delar av Östersjön, varför tillväxten av gråsäl i södra Östersjön just nu är större än längre norrut.
De senaste tre åren har antalet räknade knubbsälar i Kalmarsund varit ca 2000 individer. Populationen av knubbsälar runt Kalmarsund har klarat sig från de epidemier som påverkat sälarna på västkusten, sannolikt för att kontakten dem emellan är i princip obefintlig.
En annan skild population av knubbsälar i sydvästra Östersjön finns kring Öresund, Bälthavet och Arkonahavet. Den har ökat relativt stadigt med ca 6 procent per år. Under senaste åren har det räknade antalet i sydvästra Östersjöspopulationen varit kring 1200 knubbsälar.
Gråsälen i hela Östersjön har ökat med runt 5 procent per år. Idag kan man räkna till omkring 40 000 gråsälar i Östersjön av vilka mindre än 5 000 finns i den södra delen, från Gotland och söderut. Tillväxten i den södra delen överstiger 15 procent per år, vilket sannolikt mest beror på att sälar förflyttat sig söderut, från andra områden. Reproduktionen i södra delen av Östersjön är fortfarande begränsad. Det räknade antalet uppskattas vara 60-80 procent av hela populationen.
Många tidigare upptäckta hälsoproblem hos gråsäl har minskat. Dock har ett minskande späcklager observerats under 2000-talet och förekomst av och leverparasiter har ökat. Även om frekvensen av tarmsår minskat under 2000-talet är fortfarande förekomsten bekymmersam eftersom det globalt sett verkar vara unikt för Östersjön.
Gråsälar äter nästan bara fisk, främst strömming och sik i de norra delarna och torsk, sill/strömming och skarpsill i de södra, men som för alla våra sälarter varierar födovalet mellan olika områden.