Eftersom fastsittande kiselalger är bra indikatorer på vattenkvalitet i sjöar och vattendrag, används de i många länders vattenförvaltning. I Sverige har vi börjat använda dem relativt sent vilket innebär att tidsserierna fortfarande är relativt korta. Enstaka vatten har tidsserier sedan 1996, men den nationella övervakningen började rutingmässigt först år 2004-2006. Fastsittande kiselalger används främst för att bedöma ekologisk status i sjöar och vattendrag. De svenska kiselalgindexena visar att surhet och övergödning inte förändrats under de senaste tio till 15 åren. Det här resultatet stämmer överens med direkta mätningar av pH och totalfosfor. Enstaka vattendrag uppvisar dock tydliga förändringar i kiselalgssamhällens sammansättning.
Förändringarna i kiselalgssamhället följer främst trender vad gäller surhet och totalfosfor. Under 2017-2021 finns data inrapporterade från runt 1600 vattendrag, de flesta belägna i landets södra halva. Kiselalgsindexet för övergödning och förorening visar att ett dominerande antal (70 %) vattendrag har låg näringspåverkan. Kiselalgsindexet som visar surhet visar att alkalina och nära neutrala vatten dominerar. De prov som visar mycket sura förhållanden ligger ofta uppströms kalkdoserare (stationer som per automatik kontinuerligt tillför kalk).
