Ekologisk status klassat från växtplanktondata visar på mellan hög och måttlig status i svenska havsområden där områdena vid Västkusten har högst ekologisk status. Bedömningsgrunder för plankton har än så länge enbart tagits fram för växtplankton i kustområdena. I bedömningen av status i utsjövatten har man använt sig av bedömningsgrunderna för närliggande kustvatten och status för utsjö bör därför tolkas med viss försiktighet. Klorofyll ökar vid några enstaka stationer vid kusten i Östersjön och minskar i Västerhavet. Samtidigt minskar hoppkräftor vid flera stationer i Bottenhavet och Egentliga Östersjön. Heterotrofa bakterier ingår endast i den nationella miljöövervakningen i Bottniska viken och tyder där i stort på ett stabilt system.
För växtplankton är ekologisk status god eller måttlig i Bottenviken, och måttlig i Bottenhavet. Klorofyllhalterna ökar i Bottenhavet både i kust och utsjö (sommarperioden juni– augusti), men biomassa i form av biovolym visar inte på någon trend. I Bottenvikens utsjö ses ingen signifikant trend i den totala biomassan av djurplankton, men hoppkräftor har ökat de senaste 15 åren. I Bottenhavets utsjö minskar mängden djurplankton, en minskning som till stor del beror på minskning av hoppkräftor. Senaste 15 åren ses en ökning av bakterietillväxt i Bottenhavets kuststationer i Örefjärden. Bakteriebiomassan har ökat om man ser till hela tidsserien men för de senaste 15 åren är det bara vid en yttre station i Råneå i Bottenvikens kust som biomassan har ökat signifikant.
I både norra och centrala Egentliga Östersjön är sammanvägd status för växtplankton måttlig. Vid Arkona och Bornholmsdjupet i södra Egentliga Östersjön är statusen klassad till god. För växtplankton (klorofyll och biovolym) ses inga signifikanta trender i södra eller centrala Egentliga Östersjön. I norra Egentliga Östersjöns kust (Askö) ses en signifikant ökning i klorofyll. Kvävefixerande cyanobakterier i samma område visar inte längre någon ökande trend för de senaste 15 åren, dock fortfarande en ökning sett över en längre tidsperiod (1992-2014). I norra Egentliga Östersjöns utsjö ökar biomassan av växtplankton, men inte klorofyll. Samtidigt ses vid kusten (Askö) en minskning av andel hoppkräftor som del av totalbiomassan, dock endast om man tittar på de senaste 40 åren, ingen signifikant trend de senaste 15 åren. Totalbiomassan av djurplankton visar ingen signifikant trend.
I Västerhavet klassas ekologisk status i huvudsak som hög med undantag för några få stationer där ekologisk status klassas som god. Klorofyllhalterna minskar vid flera stationer, i Kattegatt och Skagerrak, både i kust och utsjö. Vid flera tillfällen under året 2014 observerades höga cellantal av potentiellt giftiga algsläktena Alexandrium och Dinophysis samtidigt som toxiner kunde uppmätas i blåmusslor. Autotrofa dinoflagellater ökar signifikant vid många stationer i Kattegatt och Skagerrak under perioden 1998-2014. Inga signifikanta trender för djurplankton kan ses.